units           metal
boundary        p p p
atom_style      atomic
dimension       3
newton          on

region          box block      -50.000000 50.000000    -50.000000 50.000000   -0.295268 57.091077  units  box
create_box      2 box


read_data	 data.bn add merge 

############################
###### DEFINE POTENTIAL#####
############################++


 
######################################
############### INITIALISATION #######
######################################
 

compute           mytemp  all  temp
# compute         2  all  coord/atom 2.2
# compute         3  all ke/atom
compute           4 all temp
compute           peratom all  pe/atom 
# compute         prese all pressure thermo_temp
# compute         csym  all centro/atom  atomic
compute           strs all stress/atom NULL
#compute	  pr all reduce sum c_strs[1] c_strs[2] c_strs[3]

####################################
#######  BOUNDARY CONDITIONS #######
####################################

#min_style	  cg
#min_style       cg
#minimize    1e-10 1e-10 1 1

fix         1  all npt temp  300  300  0.11  x  0   0  0.5  y  0   0  0.5 

##########################################
############ RUN MINIMISATION ############
##########################################


timestep          0.001

thermo            1000
thermo_style      custom step  lx ly lz  temp  pe  etotal  press  
dump              1 all custom  1000  EQ_*.dump id type mass x y z vx vy vz c_peratom   
run               50000 # TOTOAL  TIME =  0.1ps 

############################################
############### RELAXATION FINISHED#########
############################################

undump				1
unfix				1

############################################
############ Stress Strain Profile #########
############################################

variable			tmp equal "ly"            	# Store final cell length for strain calculations
variable			L0 equal ${tmp}
print				"Initial Length, L0: ${L0}"

############################################################
############# Applying Strain in Y-Direction ###############
############################################################

reset_timestep				0
fix				1 all nvt temp 300 300  0.11  
variable			srate equal 1.0e9
variable			srate1 equal "v_srate / 1.0e12"    # Converting seconds to picoseconds
fix				2 all deform 1 y erate ${srate1} units box remap x

############################################
######## Define Pressure Term ##############
############################################

variable 			strain equal "(ly-v_L0)/v_L0"

variable			p1 equal "v_strain"
variable			p2 equal "-pxx/10000"
variable			p3 equal "-pyy/10000"
variable			p4 equal "-pzz/10000"
variable			p5 equal "-pxy/10000"
variable			p6 equal "-pyz/10000"
variable  			p7 equal "-pxz/10000"
			
fix				def1 all print 200 "${p1} ${p2} ${p3} ${p4} ${p5} ${p6} ${p7}" file GR_ST.txt screen no
dump				1 all custom 200 Tensile_In_*.dump id type mass x y z c_peratom fx fy fz c_strs[1] c_strs[2] c_strs[3] c_strs[4] c_strs[5] c_strs[6] 
dump_modify			1 element B N 
thermo				200

thermo_style		        custom step v_strain  temp v_p2 v_p3 v_p4 ke pe press pxx pyy pzz 
run			        400000    ######## Check this total time steps for strain value