#############################################SET UP##############################################################################

#log		log-with-inceased-box-size


package 		gpu 1 

processors 	4 1 1

dimension		3 

boundary 		p f f

units 			metal

atom_style 		atomic

neighbor        2 bin

neigh_modify    delay 10 every 2

################################################STRUCTURE##############################################################################
		

########################################
#by changing the a3 vector 100,200,400, the box size is changed 

lattice 		custom 2.4942 &
					a1 1 0 0 &
					a2 -0.5 0.86603 0 &
					a3 0 0 100 &					
						basis	0.66	0.33	0	&
						basis	0.33	0.66	0	
	
			
region 			forbox block 0 2000 -250 250 -0.99 0.99 

create_box	 	2 forbox

create_atoms	1 region forbox

mass		 	* 12.0107

region 			lfixed block 0 2 0 25 -0.99 0.99
group 			lfixedgrp region lfixed

region 			rfixed block 1998 2000 0 50 -0.99 0.99
group 			rfixedgrp region rfixed

region 			cell block 2 1998 0 25 -0.99 0.99
group 			cellgrp region cell
set 			region cell type 2

region 			outside block 0 2000 0 25 -0.99 0.99 side out
delete_atoms 	region outside

########################################
#############################################################################################################################################

pair_style 		tersoff/gpu
#pair_style		tersoff
pair_coeff 		* * BNC.tersoff C C

minimize 		1e-25 1e-30 5000 5000

timestep 		0.0005

reset_timestep 	0

velocity 		all create 300 5493761 mom yes rot yes dist gaussian  

###################################################################HEAT LAYERS##############################################################

dump         	1 all atom 1000 dmptc1.lammpstrj

thermo          1000

thermo_style	custom step temp ke pe etotal press pxx pyy pzz pxy pxz pyz vol lx ly lz density enthalpy
#############################################SECOND EQUiLIBRATION RUN########################################################################

fix             NPT cellgrp npt temp 300 300 0.05 x 1.0 1.0 0.5

run             1000

unfix           NPT

write_restart	NPT_equi.restart

#############################################SECOND EQUiLIBRATION RUN########################################################################

################################################################################
fix             NVE cellgrp nve

compute         temp_sys all temp

fix             ave_sys all ave/time 1 2000 2000 c_temp_sys ave running file Temp_sys.pp

run            	1000

unfix           NVE

write_restart	NVE_equi.restart