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#	 	Liquid Precursor Modelling			#
#		No. of monomers of DETDA= 128		#
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clear
echo screen


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#	 			INITIALIZATION					#
#################################################
 units real
 atom_style full
# neighbor 15.0 bin
# neigh_modify delay 0 every 1 check yes one 50000 page 1000000
 pair_style lj/class2 15.0
 bond_style class2
 angle_style class2
 improper_style class2
 dihedral_style class2
 special_bonds lj 0 1 1
 
 
#################################################
#	 			DATA FILES						#
#################################################
 read_data 2-1.data		 extra/special/per/atom 17


#################################################
#	 			MINIMZATION						#
#################################################
 velocity all create 1.0 12345 mom yes rot yes
 min_style fire
 minimize 1.0e-6 1.0e-15 50000 1000000
 fix 1 all nve/limit 0.1
 thermo_style custom step temp press density bonds angles dihedrals impropers pe etotal
 thermo 1
 log min.txt
 unfix 1
 
 
#################################################
#	 			SIMULATION						#
#################################################

#################################################
#	 			Annealing						#
#################################################
 log nvt_500_50.txt
 velocity all scale 500.0
 thermo 500
 thermo_style custom step temp press density bonds angles dihedrals impropers pe etotal
 fix 1 all nvt temp 1.0 500.0 100.0
 dump 1 all atom 500 anneal_1.lammpstrj
 reset_timestep 0
 timestep 1
 run 5000
 unfix 1
 undump 1
 
 
 log npt_500_400.txt
 velocity all scale 500.0
 thermo 500
 thermo_style custom step temp press density bonds angles dihedrals impropers pe etotal
 fix 1 all npt temp 500.0 500.0 100.0 iso 1.0 1.0 1000.0
 dump 1 all atom 500 anneal_2.lammpstrj
 reset_timestep 0
 timestep 1
 run 1000
 unfix 1
 undump 1
 
#################################################
#	 			Cross-linking					#
#################################################
 fix 1 all bond/create 1 11 9 3.0 17 iparam 4 12 jparam 3 13 prob 0.5 85784
 run 2000
 
 
 min_style fire
 minimize 1.0e-15 1.0e-15 50000 1000000
 fix 1 all nve/limit 0.1
 thermo_style custom step time temp press density bonds angles dihedrals impropers pe etotal
 thermo 1
 log min1.txt
 unfix 1
 
 write_restart 1.restart
 write_data 1.data