#第一部分 设定模拟的基本规则
units                    real 
dimension            3
boundary             p p p
neighbor             3.0  bin
neigh_modify       every 1 delay 0 check yes
atom_style           full 
pair_style	            lj/class2/coul/long 12.5 12.5
bond_style	    class2
angle_style	    class2
dihedral_style	    class2
improper_style	class2
pair_modify	     mix sixthpower tail yes
special_bonds  	lj/coul 0 0 1.0
kspace_style           pppm 0.0001

# 第二部分  定义模拟的几何模型
read_data     jdc.data 
kspace_style           pppm 0.0001  #这是因为是三斜晶系，要再写一遍这个

# 第三部分  建立模拟物理模型Masses
mass  1   12.01115  # c1
mass  2   12.01115  # c2
mass  3   12.01115  # coh
mass  4    1.00797  # hc
mass  5    15.9994  # o
mass  6    15.9994  # oc

#第四部分 建立模拟的分组信息
# 定义上部区域（上35%）
region    up block INF INF INF INF 67.47 103.8 units box
group     up region up 
# 定义下部区域（下35%）
region    down block INF INF INF INF 0.0 36.33 units box
group     down region down 
# 定义中间退火区域（中间30%）
group     anneal subtract all up down
#group


#第五部分 弛豫
thermo 1000
thermo_style custom step temp press vol density pe ke etotal 
thermo_modify flush yes
dump 1 all custom 10000 dump.lammpstrj id mol type mass x y z

#能量最小化
minimize 0.0 1.0e-8 1000 100000

#初始温度
compute myT all temp 
velocity all create 300 262027 rot yes dist gaussian

# 设置时间步长
timestep 1
 #设置墙壁和NPT控制

variable zlo equal zlo
variable zhi equal zhi
fix 1 all wall/lj126 zlo v_zlo 0.1 3.0 5.0 zhi v_zhi 0.1 3.0 5.0 pbc yes
fix 2 all npt temp 300 300 100 iso 0 0 1000
 
#开始循环模拟
label loop
variable i loop 1000
run 1000
write_data temp.data
next i
jump SELF loop


write_data  chiyu_structure.data

write_restart restart.equil