#########################################################################
# paramètres généraux
#########################################################################

units           real
dimension       3
atom_style      full
boundary        p p p

#########################################################################
# creation de la geometrie
#########################################################################
# from_betacristo
lattice		diamond 7.160000
region		simulation_box block 0 8 0 8 0 3
create_box	2 simulation_box  # cree la boite de simulation, avec 2 types d atome
region		oxygens_box block 0 8 0 8 0 3


create_atoms	1 region simulation_box


lattice		custom 7.160000 &
		basis 0.125 0.125 0.125 &
		basis 0.125 0.375 0.375 &
		basis 0.375 0.125 0.375 &
		basis 0.375 0.375 0.125 &
		basis 0.125 0.625 0.625 &
		basis 0.625 0.125 0.625 &
		basis 0.625 0.625 0.125 &
		basis 0.125 0.875 0.875 &
		basis 0.875 0.125 0.875 &
		basis 0.875 0.875 0.125 &
		basis 0.375 0.625 0.875 &
		basis 0.625 0.875 0.375 &
		basis 0.875 0.375 0.625 &
		basis 0.625 0.375 0.875 &
		basis 0.875 0.625 0.375 &
		basis 0.375 0.875 0.625
create_atoms	2 region oxygens_box

group		simulation_group region oxygens_box

# creation des groupes pour freeze
region fixed_bottom block -7.160000 64.440000 -7.160000 64.440000 -7.160000 3.580000 units box
group fixed_bottom_group region fixed_bottom

#########################################################################
# proprietes physiques des atomes
#########################################################################
mass		1 28.0855	
mass		2 15.9994
set type 1 charge 1.300000
set type 2 charge -0.650000

#########################################################################
# donnees a calculer et fichiers de sortie
#########################################################################

thermo          10000
thermo_style custom step elapsed elaplong dt atoms temp press pe ke etotal enthalpy evdwl ecoul epair ebond eangle edihed eimp emol elong etail vol lx ly lz xlo xhi ylo yhi zlo zhi pxx pyy pzz pxy pxz pyz fmax fnorm


dump 		1 all custom 10000 dump.coord type x y z
dump 		4 all custom 10000 *.dumpvtk id x y z type vx vy vz fx fy fz


#########################################################################
# interaction entre atomes
#########################################################################

# hybrid/overlay
pair_style hybrid/overlay morse 10.000000 coul/long 10.000000
pair_coeff 1 1 morse 0.177330 2.044577 3.759800 10.000000
pair_coeff 1 2 morse 45.997000 2.651781 1.628000 10.000000
pair_coeff 2 2 morse 0.536300 1.373147 3.791000 10.000000
pair_coeff * * coul/long
kspace_style pppm 1.0e-5
neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 0 every 1 check yes

#########################################################################
# chargements
#########################################################################
# NPH

velocity	all create 4000.000000 1576
velocity	fixed_bottom_group set NULL NULL 0.0 sum no units box

#########################################################################
# calcul(s)
#########################################################################

timestep        1.000000


# NPH


fix        1 all nvt temp 4000.000000 4000.000000 100.000000
fix 2 fixed_bottom_group setforce NULL NULL 0.0
run		40000
write_restart restart.amorph_silica1

unfix 1
unfix 2
fix        1 all nvt temp 4000.000000 1000.000000 100.000000
fix 2 fixed_bottom_group setforce NULL NULL 0.0
run		240000
write_restart restart.amorph_silica2

unfix 1
unfix 2
fix        1 all npt temp 1000.000000 300.000000 100.000000 aniso 1.0 1.0 1000.000000 drag 0.000000
fix 2 fixed_bottom_group setforce NULL NULL 0.0
run		56000
write_restart restart.amorph_silica3

unfix 1
unfix 2
fix        1 all npt temp 300.000000 300.000000 100.000000 aniso 1.0 1.0 1000.000000 drag 0.000000
fix 2 fixed_bottom_group setforce NULL NULL 0.0
run		30000
write_restart restart.amorph_silica4