#########################################
#	 	Shear Modulus of CNT 			#
#	   (Constant Strain Method)			#
#		Length= 5.903nm					#
#		Chirality= (10,10)				#
#		No. of atoms = 960				#
#########################################

 clear
 echo both
 log def.txt
 
#################################################
#	 			INITIALIZATION					#
#################################################
 units metal
 dimension 3
 boundary p p s
 atom_style atomic

#########################################
#			Read Data					#
#########################################
 read_data	eq.data
 change_box all triclinic remap units box

#########################################
#			Force field					#
#########################################
 pair_style		airebo 3.0 1 0
 pair_coeff		* * CH.airebo C
 neighbor		3.0 bin
 neigh_modify	delay 10 check yes
 
#################################################
#	 			SIMULATION						#
#################################################
 compute 1 all temp
 compute 2 all pe
 velocity all create 300.0 300430 dist gaussian
 
#########################################
#				Variables				#
#########################################
 variable lx equal lx
 variable ly equal ly
 variable lz equal lz
 variable lo equal zlo+12
 variable hi equal zhi-12
 variable mytimestep equal 0.001


#########################################
#				Regions					#
#########################################
 region lower block INF INF INF INF 0.07907228079 ${lo} units box
 region upper block INF INF INF INF ${hi} 58.2050719932 units box
 group top region upper
 group bottom region lower
 group system subtract all top bottom
 
#########################################
#		  Boundary Conditions			#
#########################################
 reset_timestep 0
 timestep ${mytimestep}
 thermo 1
 fix 1 top nve
 fix 2 bottom nve
# fix 3 top setforce 0 0 0
 fix 3 bottom setforce 0 0 0
 velocity bottom set 0 0 0
 fix 4 system nvt temp 300 300 0.5
 
#########################################
#		  		Deformation				#
#########################################
 thermo_style custom step temp press density vol v_lx v_ly v_lz pe etotal
 fix 5 top move rotate 0.0 0.0 0.07907228 0.0 0.0 52.20507 300.0
 dump 1 all atom 1 def.lammpstrj
 run	300
 unfix 4
 undump 1