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#	 	Liquid Precursor Modelling			#
#		No. of monomers of DETDA= 128		#
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clear
echo screen


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#	 			INITIALIZATION					#
#################################################
 units real
 atom_style full
# neighbor 15.0 bin
# neigh_modify delay 0 every 1 check yes one 50000 page 1000000
 pair_style lj/class2 15.0
 pair_modify mix geometric
 bond_style class2
 angle_style class2
 improper_style class2
 dihedral_style class2
 special_bonds lj 0 1 1
# kspace_style pppm 0.0001
 
 
#################################################
#	 			DATA FILES						#
#################################################
 read_data 2-1.data		 extra/bond/types 1 #extra/atom/types 2 #extra/special/per/atom 17

#################################################
#	 			MINIMZATION						#
#################################################
# velocity all create 1.0 12345 mom yes rot yes
# min_style fire
# minimize 1.0e-6 1.0e-15 50000 1000000
# fix 1 all nve/limit 0.1
# thermo_style custom step temp press density bonds angles dihedrals impropers pe etotal
# thermo 1
# log min.txt
# unfix 1
 
 
#################################################
#	 			SIMULATION						#
#################################################

#################################################
#	 			Annealing						#
#################################################
# log nvt_500_50.txt
# velocity all scale 500.0
# thermo 500
# thermo_style custom step temp press density bonds angles dihedrals impropers pe etotal
# fix 1 all nvt temp 1.0 500.0 100.0
# dump 1 all atom 500 anneal_1.lammpstrj
# reset_timestep 0
# timestep 1
# run 5000
# unfix 1
# undump 1
 
 
# log npt_500_400.txt
# velocity all scale 500.0
# thermo 500
# thermo_style custom step temp press density bonds angles dihedrals impropers pe etotal
# fix 1 all npt temp 500.0 500.0 100.0 iso 1.0 1.0 1000.0
# dump 1 all atom 500 anneal_2.lammpstrj
# reset_timestep 0
# timestep 1
# run 1000
# unfix 1
# undump 1
 
#################################################
#	 			Cross-linking					#
#################################################
 thermo 10
 thermo_style custom step temp press density bonds angles dihedrals impropers pe etotal
 fix 1 all langevin 500.0 500.0 0.5 15897
 fix 2 all nve
 fix 3 all bond/create 10 11 9 3.0 17 iparam 1 11 jparam 1 9 prob 0.5 85784
 reset_timestep 0
 timestep 0.1
 run 2000
 unfix 1
 unfix 2
 unfix 3
 
 
# min_style fire
 minimize 1.0e-15 1.0e-15 50000 1000000
# fix 1 all nve/limit 0.1
# thermo_style custom step time temp press density bonds angles dihedrals impropers pe etotal
# thermo 1
# log min1.txt
# unfix 1
 
 write_restart 1.restart
 write_data 1.data