#LAMMPS 2001 input script

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# INITIALIZATION SETTINGS (must appear before "read data/restart" file)

units		lj
# extra memory    19.0 19.0 19.0 19.0
dimension       3
processor grid  2 1 1
periodicity     0 0 0
true flag	3
#newton flag     3
# changed up to 1.6 > max FENE bond length, from 1.3
maximum cutoff  1.6

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# INPUT CONFIGURATION

read data data.endoffastpushoff.LAMMPS01

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# SPECIAL SETTINGS
#  if coeffs set in config_file : must appear before "read data/restart"
#  if style changed in subsequent runs : can be after first read/data

# reneighbor and try bondswap every 5 steps
neighbor	0.3 1 1 5 1

nonbond style   lj/cutoff    1.12246   1
bond style      fene/standard
angle style     cosine
dihedral style  none
coulomb style   none
# coulomb style pppm 12.0 1.e-4
improper style  none

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# PROBLEM SETTINGS (must appear after "read data/restart" command)

#press control none

#Initializes temperature normally for melt and tethered chains

create temp uniform 1.0 747011
temp control    langevin 1.0 1.0  0.5 331207

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# NONBOND POTENTIAL: LJ FORCE
#               type type epsilon sigma cutoff
nonbond coeff    1     1    1.0     1.0   1.12246


# BOND POTENTIAL: FENE
#           type  k     r0   epsilon LJ  sigma LJ
# use weaker k to help bondswapping
bond coeff  1     10.0  1.5  1.0         1.0

# Angle Potential: Harmonic (2001 only)  ????
#           type  k  Angle_0 
angle coeff 1  0  180.0 
 
special bonds   0.0 1.0 1.0

############### BONDSWAP INPUT ######################
# frac    - fraction of atoms examined for swap
# cut     - < FENE cutofff
#            frac cut  seed
diagnostic bondswap 100000000 none 3  0.5  1.3  820691
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thermo flag	25
thermo style    1

# dump configs every 3000 tau
dump atoms 100000  configs.Nch.100.N.400.kbend2.0
restart  100000  1 res

timestep     0.012
run	     4

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