Dl_poly

Hola tengo un problema yo utilizo el dl_poly para simular mi modelo de ácido ascorbico con agua. Primeramente tenía el modelo de la droga solamente y utilicé la utilidad del dl_poly wateradd para añadir las aguas en la caja de simulación pero el programa añadió algunas moléculas que estaban mal, formando puentes de hidrógeno entre ellas. A alguien más le ha pasado esto?