Hi all,
when I use emc to create lammps data file with very long SMILES string, the program show error massage:
Error: core/chemistry/ring.c:631 ChemistryRings:
Found nrings != nlinks (43 != 45); increase scanning depth?
Program aborted.
Does this means to modify the source code of emc?
thanks.
Luyao
SMILES string
C=CC(=O)OCCOCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)CCNCc8ccccc8)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)C=C)(COC(=O)C=C)COC(=O)C=C)(COC(=O)C=C)COC(=O)C=C)Cc%44ccccc%44)Cc%16ccccc%16)COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)C=C)Cc6ccccc6)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)CCNCc%45ccccc%45)(COC(=O)CCNCc%27ccccc%27)COC(=O)C=C)(COC(=O)CCNCCc%34ccc(O)c(O)c%34)COC(=O)C=C)CCc%21ccc(O)c(O)c%21)Cc5ccccc5)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)C=C)(COC(=O)C=C)COC(=O)C=C)(COC(=O)C=C)COC(=O)C=C)Cc%26ccccc%26)CCc4ccc(O)c(O)c4)COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)C=C)CCc%25ccc(O)c(O)c%25)CCc%13ccc(O)c(O)c%13)Cc%10ccccc%10)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)C=C)CCc%11ccc(O)c(O)c%11)COC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)C=C)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)CCNCc%39ccccc%39)Cc%17ccccc%17)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)C=C)CCc%18ccc(O)c(O)c%18)COC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)CCNCCc%30ccc(O)c(O)c%30)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)C=C)CCc%40ccc(O)c(O)c%40)Cc%29ccccc%29)COC(=O)CCNCc%41ccccc%41)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)C=C)(COC(=O)C=C)COC(=O)C=C)(COC(=O)C=C)COC(=O)C=C)Cc%33ccccc%33)COC(=O)C=C)CCc%20ccc(O)c(O)c%20)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)C=C)CCc%32ccc(O)c(O)c%32)Cc%24ccccc%24)COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)C=C)CCc%38ccc(O)c(O)c%38)CCc%28ccc(O)c(O)c%28)Cc%19ccccc%19)Cc%12ccccc%12)COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)C=C)(COC(=O)C=C)COC(=O)C=C)(COC(=O)C=C)COC(=O)C=C)Cc%36ccccc%36)CCc%14ccc(O)c(O)c%14)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)C=C)(COC(=O)CCNCc%43ccccc%43)COC(=O)C=C)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCC(COCC(COC(=O)C=C)(COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)C=C)Cc%42ccccc%42)Cc%37ccccc%37)COC(=O)C=C)(COC(=O)C=C)COC(=O)C=C)Cc%35ccccc%35)COC(=O)C=C)Cc%31ccccc%31)COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)C=C)CCc%23ccc(O)c(O)c%23)Cc%15ccccc%15)Cc9ccccc9)CCc3ccc(O)c(O)c3)COC(=O)CCN(CCC(=O)OCCOCCOC(=O)CCNCc%22ccccc%22)CCc7ccc(O)c(O)c7)Cc2ccccc2)CCc1ccc(O)c(O)c1