Mcsqs run

Alloy Theoretic Automated Toolkit (ATAT)
1

Hi Dear all,
I want to construct MoS[2(0.75)]Se[2(1-0.75)] alloy from hexagonal MoS(2) compounds. I have used the following input files:

rndstr.in:
3.157461273 3.157461273 12.32913448 90 90 120
1 0 0
0 1 0
0 0 1
3.3333333333E-01 6.6666666667E-01 2.5000000000E-01 Mo
6.6666666667E-01 3.3333333333E-01 7.5000000000E-01 Mo
3.3333333333E-01 6.6666666667E-01 6.2150506058E-01 S=0.75, Se=0.25
6.6666666667E-01 3.3333333333E-01 1.2150506058E-01 S=0.75, Se=0.25
3.3333333333E-01 6.6666666667E-01 8.7849493942E-01 S=0.75, Se=0.25
6.6666666667E-01 3.3333333333E-01 3.7849493942E-01 S=0.75, Se=0.25
and then I have used the following command:
corrdump -l=rndstr.in -ro -noe -nop -clus -2=9
mcsqs -n=6.
I am not sure that the output is correct or not.

bestsqs.out
3.157461 0.000000 0.000000
-1.578731 2.734442 0.000000
0.000000 0.000000 12.329134
0.000000 -1.000000 0.000000
-1.000000 0.000000 0.000000
0.000000 -0.000000 -1.000000
-0.666667 -0.333333 -0.378495 S
-0.666667 -0.333333 -0.121505 S
-0.333333 -0.666667 -0.878495 Se
-0.333333 -0.666667 -0.621505 S
-0.666667 -0.333333 -0.750000 Mo
-0.333333 -0.666667 -0.250000 Mo

MoS(2) in hexagonal phase:
acell 3*5.96673705624152

rprim 0.866025403784439 -0.500000000000000 0.000000000000000
0.000000000000000 1.000000000000000 0.000000000000000
0.000000000000000 0.000000000000000 3.9047619

natom 6
ntypat 2
typat 1 1 2 2 2 2
znucl 42 16
xred 3.3333333333E-01 6.6666666667E-01 2.5000000000E-01
6.6666666667E-01 3.3333333333E-01 7.5000000000E-01
3.3333333333E-01 6.6666666667E-01 6.2150506058E-01
6.6666666667E-01 3.3333333333E-01 1.2150506058E-01
3.3333333333E-01 6.6666666667E-01 8.7849493942E-01
6.6666666667E-01 3.3333333333E-01 3.7849493942E-01

Please give me guidance in this topic and if there are any practical notes please introduce me.

I sincerely thank you.

Y. Asadi

2

3.3333333333E-01 6.6666666667E-01 2.5000000000E- 01 Mo
6.6666666667E-01 3.3333333333E-01 7.5000000000E-01 Mo
3.3333333333E-01 6.6666666667E-01 6.2150506058E-01 S = 0.75,Se = 0.25
6.6666666667E-01 3.3333333333E-01 1.2150506058E-01 S = 0.75, Se = 0.25
3.3333333333E-01 6.6666666667E-01 8.7849493942E-01 S = 0.75,Se = 0.25
6.6666666667E-01 3.3333333333E-01 3.7849493942E-01 S = 0.75,Se = 0.25
how to get the data which are in front of Mo\S\Se,thanks

3

Your input files seem correct, but a 6-atom sqs seems very small.
You need to check the bestcorr.out to see how well your sqs reproduces the random state correlations.