Msd

LAMMPS
,
1

Dear LAMMPS users,
this is my code for calculating MSD all atoms, but in fact I have doubt that this code is correct! there was no error when code ran but Contrary to expectations, the data showed very little change.
I would be grateful if you could guide me.

dimension 3
boundary p p p
units metal
atom_style atomic

read_data data.data

MD Simulation Settings

mass 1 26.98
mass 2 63.55
pair_style eam/alloy
pair_coeff * * AlCu.eam.alloy Al Cu

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#Setting

compute 1 all ke/atom
compute 2 all pe/atom
compute 3 all centro/atom fcc
compute 4 all cna/atom 2
compute 5 all msd

variable MSDall equal c_5[4]

fix monitor_All all print 1000 “${MSDall}” file MSD_All_monitor.txt

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###########################################################################
#Equilibration & Output Settings

thermo 1000
thermo_style custom step time temp pe etotal press vol
dump 1 all cfg 10000 alti.*.cfg mass type xs ys zs c_1 c_2 c_3 c_4
timestep 0.001
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############################################################################
#relaxing 1

fix 1 all npt temp 300 300 0.01 iso 0 0 1

run 140000
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#############################################################################

unfix 1
fix 2 all npt temp 300 600 0.01 iso 0 0 1

run 120000
##############################################################################

unfix 2
fix 3 all npt temp 600 600 0.01 iso 0 0 1

run 140000

unfix 3

2

The first advice I have is: don’t post your question in the wrong category! You are asking about LAMMPS, so why do you post in “Materials Project”?

The second advice is: study and follow the forum guidelines, especially those about quoting and formatting test files.