Hi,
I am doing a simple binding energy calculation and outputting the results using fix ave/time into a file. However, first half of the file is filled with “unknown symbols” that text editors display as “@”.
Here is the chunk of the input file that creates this:
Calculating individual PFAS binding energies!
compute bind_PFAS1 PFAS group/group bottom_group
compute bind_PFAS2 PFAS group/group bottom_group
compute bind_PFAS3 PFAS group/group bottom_group
compute bind_PFAS4 PFAS group/group bottom_group
compute bind_PFAS5 PFAS group/group bottom_group
compute bind_PFAS6 PFAS group/group bottom_group
compute bind_PFAS7 PFAS group/group bottom_group
compute bind_PFAS8 PFAS group/group bottom_group
compute bind_PFAS9 PFAS group/group bottom_group
compute bind_PFAS10 PFAS group/group bottom_group
fix energies_PFAS all ave/time 100 100 10000 c_bind_PFAS1 c_bind_PFAS2 c_bind_PFAS3 c_bind_PFAS4 c_bind_PFAS5 c_bind_PFAS6 c_bind_PFAS7 c_bind_PFAS8 c_bind_PFAS9 c_bind_PFAS10 file energies_PFAS_${data}.txt
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And here is the weird output:
^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@
^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@
^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@
^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@
^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@
^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@
^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@
^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@5740000 11
.6049 6.89101 -376.942 493.486
5750000 12.237 6.93107 -380.897 478.514
5760000 13.9688 6.93182 -390.07 519.655
5770000 12.184 6.94604 -384.817 530.257
5780000 13.302 6.86498 -388.923 468.903
5790000 12.3261 6.88987 -392.038 528.562
5800000 14.7859 6.92612 -393.931 543.634
5810000 12.2951 6.98175 -391.108 510.663
5820000 11.9647 6.96863 -387.915 496.93
5830000 10.1483 6.91258 -386.211 479.851
5840000 13.7061 6.99339 -383.835 476.321
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It seems that for the first approximately 5M steps there is an error and then it randomly gets fixed.
NOTES:
1- This is all part of a single run command.
2- I run the same simulation at multiple temperatures and only some have this problem and some are totally fine!
Please let me know if you need the whole input file. It’s pretty lengthy.