Dear all,
I am using moltemplate to create polypyyrole through oplsaa force field. But is showing no bond types defined error for N1 and C1. Please suggest the possible changes to make it run. Below is the file script given:-
import “oplsaa.lt”
polypyyrole inherits OPLSAA {
write(“Data Atoms”){
$atom:N1 $mol:. @atom:542 -0.386 0.333027661 -0.630282819 0.809109151
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$atom:C20 $mol:. @atom:544 -0.215 4.787744999 4.491345882 0.062122378
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$atom:H14 $mol:. @atom:547 0.094 3.918897629 5.070856571 -0.277386010
$atom:H15 $mol:. @atom:545 0.320 6.513509750 1.927702665 0.944682717
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$atom:C21 $mol:. @atom:543 0.107 -5.871558666 -6.107636929 5.117469788
$atom:C22 $mol:. @atom:544 -0.215 -7.183024406 -6.078368664 5.608414173
$atom:C23 $mol:. @atom:543 0.107 -5.926793098 -7.177649498 7.087605953
$atom:C24 $mol:. @atom:544 -0.215 -7.205166817 -6.755064964 6.818383694
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$atom:H18 $mol:. @atom:547 0.094 -8.075121880 -6.907007217 7.462220669
$atom:H19 $mol:. @atom:545 0.320 -4.037288189 -6.800549507 6.110610008
$atom:H20 $mol:. @atom:547 0.094 -5.526987553 -7.716153622 7.949554920
}
write(“Data Bond List”){
$bond:b1 $atom:N1 $atom:C1
$bond:b2 $atom:N1 $atom:C3
$bond:b3 $atom:C1 $atom:C2
$bond:b4 $atom:C2 $atom:C4
$bond:b5 $atom:C3 $atom:C4
$bond:b6 $atom:N1 $atom:H3
$bond:b7 $atom:C2 $atom:H1
$bond:b7 $atom:C4 $atom:H2
$bond:b9 $atom:N2 $atom:C5
$bond:b10 $atom:N2 $atom:C7
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}
}