Hi everyone,
I’m modeling the adsorption of organic molecule on disordered SiO2 surface with exciting-oxygen. The initial structure (513 atoms) was obtained from previous AIMD. Exciting reported zero-distance atoms and muffin-tin overlap although the structure visualized in Xcrysden looked fine. The input file, Xcrysden file, and a screenshot are attached. Any suggestions would be greatly appreciated.
Best,
Kewei Zhao
Input.xml
<input>
<title>SiO2</title>
<structure speciespath="/home/kewei/Software/exciting/species">
<crystal scale="1.88973">
<basevect>13.5500 0.0000 0.0000</basevect>
<basevect>0.0000 13.9700 0.0000</basevect>
<basevect>0.0000 0.0000 29.8200</basevect>
</crystal>
<species speciesfile="Si.xml" rmt="1.0">
<atom coord=" 0.787632 0.336955 0.214541"/>
<atom coord=" 0.193120 0.124910 0.168472"/>
<atom coord=" 0.233087 0.685148 -0.019750"/>
<atom coord=" 0.554844 0.604720 0.166660"/>
<atom coord=" 0.495457 0.275062 0.118593"/>
<atom coord=" 0.011493 0.786786 0.150126"/>
<atom coord=" 0.455195 0.053453 -0.201440"/>
<atom coord=" 0.044193 0.328087 -0.158769"/>
<atom coord=" 0.041864 0.220844 0.002944"/>
<atom coord=" 0.334050 0.277930 0.194439"/>
<atom coord=" 0.377126 0.250941 0.034275"/>
<atom coord=" -0.000177 0.836631 0.049788"/>
<atom coord=" 0.078045 -0.006539 -0.235465"/>
<atom coord=" 0.555637 0.579426 0.014197"/>
<atom coord=" 0.397469 0.694177 0.054354"/>
<atom coord=" 0.628812 0.795355 0.133049"/>
<atom coord=" 0.495978 0.207618 0.264536"/>
<atom coord=" 0.073218 0.046897 -0.051513"/>
<atom coord=" 0.932577 0.514506 0.096967"/>
<atom coord=" 0.715088 0.383340 -0.055204"/>
<atom coord=" 0.788930 0.384447 0.046347"/>
<atom coord=" 0.828377 -0.019698 0.077904"/>
<atom coord=" 0.450633 0.889835 0.087606"/>
<atom coord=" 0.739786 -0.039634 0.176608"/>
<atom coord=" 0.819800 0.680683 0.144941"/>
<atom coord=" 0.526737 0.009610 -0.043433"/>
<atom coord=" 0.247980 0.410062 0.080995"/>
<atom coord=" 0.511542 0.489522 -0.071010"/>
<atom coord=" 0.075082 0.639098 -0.180820"/>
<atom coord=" 0.833716 0.175871 0.030924"/>
<atom coord=" 0.789247 0.065005 -0.127887"/>
<atom coord=" 0.092954 0.265240 0.106859"/>
<atom coord=" 0.692753 0.165985 -0.047063"/>
<atom coord=" 0.705182 0.905254 0.001174"/>
<atom coord=" 0.292867 0.809421 0.223402"/>
<atom coord=" 0.589759 0.951756 -0.136165"/>
<atom coord=" 0.844051 0.637136 -0.177882"/>
<atom coord=" 0.669005 0.730610 -0.133762"/>
<atom coord=" 0.190217 0.673902 0.151250"/>
<atom coord=" 0.358356 -0.016148 0.171337"/>
<atom coord=" 0.188767 0.904454 -0.002432"/>
<atom coord=" 0.983626 0.371611 0.173794"/>
<atom coord=" 0.097381 0.116498 -0.152445"/>
<atom coord=" 0.175446 0.810375 -0.224339"/>
<atom coord=" 0.640458 0.172999 0.184081"/>
<atom coord=" 0.347324 0.552288 0.136557"/>
<atom coord=" 0.112188 0.590595 -0.080592"/>
<atom coord=" 0.363507 0.036029 0.024780"/>
<atom coord=" 0.138815 0.599679 0.058366"/>
<atom coord=" 0.882940 0.935087 -0.063938"/>
<atom coord=" 0.130287 0.375459 -0.065033"/>
<atom coord=" 0.650184 0.410449 -0.207531"/>
<atom coord=" 0.607850 0.462541 0.097859"/>
<atom coord=" 0.716809 0.697564 -0.030354"/>
<atom coord=" 0.524284 0.571349 -0.161308"/>
<atom coord=" 0.320725 0.191603 -0.149827"/>
<atom coord=" 0.353820 0.318921 -0.063566"/>
<atom coord=" 0.936647 0.726493 -0.038810"/>
<atom coord=" 0.178678 0.462246 -0.215365"/>
<atom coord=" 0.831915 0.421330 -0.143615"/>
</species>
<species speciesfile="O.xml" rmt="1.0">
<atom coord=" 0.149644 0.729195 -0.187939"/>
<atom coord=" 0.810924 -0.034877 0.131166"/>
<atom coord=" 0.483764 0.538243 -0.023992"/>
<atom coord=" 0.102382 0.066871 0.191435"/>
<atom coord=" 0.840008 0.124635 -0.167560"/>
<atom coord=" 0.768591 0.315711 0.268378"/>
<atom coord=" 0.389940 0.806621 0.059992"/>
<atom coord=" 0.668461 0.606600 -0.001809"/>
<atom coord=" 0.068451 0.030250 -0.183283"/>
<atom coord=" 0.095804 0.125337 -0.012710"/>
<atom coord=" 0.387584 0.267240 0.145658"/>
<atom coord=" 0.036333 0.558214 0.076897"/>
<atom coord=" 0.751613 0.449980 0.201896"/>
<atom coord=" 0.968200 -0.002270 -0.039180"/>
<atom coord=" 0.835053 0.540521 -0.149726"/>
<atom coord=" 0.854592 0.087134 0.066872"/>
<atom coord=" 0.959492 0.662059 -0.189627"/>
<atom coord=" 0.076114 0.311865 -0.024540"/>
<atom coord=" 0.076803 0.874380 -0.232292"/>
<atom coord=" 0.659925 0.709595 -0.078066"/>
<atom coord=" 0.514091 0.961035 -0.092394"/>
<atom coord=" 0.329658 0.657368 0.010047"/>
<atom coord=" 0.568481 0.201033 0.142068"/>
<atom coord=" 0.024217 0.212942 -0.168215"/>
<atom coord=" 0.274794 0.044213 0.146304"/>
<atom coord=" 0.627458 0.555288 0.129413"/>
<atom coord=" 0.776706 0.133550 -0.083756"/>
<atom coord=" 0.934624 0.374019 -0.154614"/>
<atom coord=" 0.210693 0.145787 -0.147944"/>
<atom coord=" 0.921093 0.823462 -0.070626"/>
<atom coord=" 0.714329 0.418518 0.085035"/>
<atom coord=" 0.223949 0.636148 -0.069147"/>
<atom coord=" 0.065462 0.087087 -0.102988"/>
<atom coord=" 0.784919 0.721671 -0.149677"/>
<atom coord=" 0.056510 0.879274 0.173671"/>
<atom coord=" 0.662717 0.278112 -0.055888"/>
<atom coord=" 0.953501 0.759101 0.012906"/>
<atom coord=" 0.155586 0.365590 0.109198"/>
<atom coord=" 0.817100 0.274208 0.059523"/>
<atom coord=" 0.551392 0.381642 0.127542"/>
<atom coord=" 0.552573 0.718466 0.155737"/>
<atom coord=" 0.593905 0.932686 -0.016894"/>
<atom coord=" 0.258041 0.759073 0.176415"/>
<atom coord=" 0.436347 0.053934 0.194313"/>
<atom coord=" 0.404631 0.775434 0.247227"/>
<atom coord=" 0.441241 0.390136 -0.080691"/>
<atom coord=" 0.478226 0.260039 0.064385"/>
<atom coord=" 0.518639 0.956721 -0.178566"/>
<atom coord=" 0.251006 0.580023 0.164709"/>
<atom coord=" 0.095584 0.586190 -0.133589"/>
<atom coord=" 0.911222 0.909808 0.059235"/>
<atom coord=" 0.087407 0.486927 -0.059806"/>
<atom coord=" 0.056308 0.251047 0.054488"/>
<atom coord=" 0.947307 0.460695 0.143917"/>
<atom coord=" 0.923094 0.198236 -0.004854"/>
<atom coord=" 0.221174 0.792371 0.266678"/>
<atom coord=" 0.109312 0.375252 -0.199946"/>
<atom coord=" 0.783689 0.948936 -0.033233"/>
<atom coord=" 0.505552 0.671488 0.035302"/>
<atom coord=" 0.025886 0.782595 0.096600"/>
<atom coord=" 0.683418 0.065518 0.177781"/>
<atom coord=" 0.340325 0.452066 0.107877"/>
<atom coord=" 0.849928 -0.030757 -0.114969"/>
<atom coord=" 0.833702 0.661079 -0.039533"/>
<atom coord=" 0.671713 0.034916 -0.135298"/>
<atom coord=" 0.137128 0.654466 0.011100"/>
<atom coord=" 0.273709 -0.038910 0.024582"/>
<atom coord=" 0.107226 0.328540 -0.112172"/>
<atom coord=" 0.110747 0.560389 -0.219423"/>
<atom coord=" 0.000355 0.282611 0.139847"/>
<atom coord=" 0.292744 0.322162 0.055664"/>
<atom coord=" 0.163631 -0.029375 -0.046928"/>
<atom coord=" 0.393647 0.104380 -0.160825"/>
<atom coord=" 0.630780 0.459825 -0.074712"/>
<atom coord=" 0.694738 0.480422 -0.247485"/>
<atom coord=" 0.746359 0.369655 -0.177733"/>
<atom coord=" 0.335803 0.143582 0.040511"/>
<atom coord=" 0.893445 0.443496 0.055653"/>
<atom coord=" 0.419423 0.038753 -0.023684"/>
<atom coord=" 0.149645 0.169503 0.122643"/>
<atom coord=" 0.096591 0.892726 0.032126"/>
<atom coord=" 0.579480 0.469568 -0.171788"/>
<atom coord=" 0.486611 0.565335 -0.111025"/>
<atom coord=" 0.016344 0.659513 -0.064176"/>
<atom coord=" 0.398870 0.276753 -0.017197"/>
<atom coord=" 0.810251 0.958659 0.219285"/>
<atom coord=" 0.229440 0.802455 -0.020994"/>
<atom coord=" 0.604415 0.661585 -0.165661"/>
<atom coord=" 0.729497 0.737251 0.117242"/>
<atom coord=" 0.403356 0.900036 0.138128"/>
<atom coord=" 0.446801 -0.005176 0.061677"/>
<atom coord=" 0.432586 0.586240 -0.196716"/>
<atom coord=" 0.783059 0.635772 -0.227091"/>
<atom coord=" 0.543991 0.497046 0.053136"/>
<atom coord=" 0.341155 0.241414 -0.101232"/>
<atom coord=" 0.590645 0.326105 -0.234495"/>
<atom coord=" 0.085827 0.403618 0.199387"/>
<atom coord=" 0.790116 0.633100 0.191862"/>
<atom coord=" 0.727802 0.254885 0.183874"/>
<atom coord=" 0.589474 0.172255 0.233435"/>
<atom coord=" 0.811365 0.393020 -0.092677"/>
<atom coord=" 0.076826 0.685906 0.170987"/>
<atom coord=" 0.207864 0.502024 0.052423"/>
<atom coord=" 0.571719 0.854503 0.094147"/>
<atom coord=" 0.713159 0.787862 0.004578"/>
<atom coord=" 0.739194 0.156544 0.003012"/>
<atom coord=" 0.271721 0.468493 -0.180865"/>
<atom coord=" 0.186844 0.664462 0.095128"/>
<atom coord=" 0.639652 0.842940 -0.135797"/>
<atom coord=" 0.309171 0.920491 0.211661"/>
<atom coord=" 0.539068 0.136139 -0.214783"/>
<atom coord=" 0.908691 0.337630 0.212723"/>
<atom coord=" 0.759399 0.404863 -0.005129"/>
<atom coord=" 0.597155 0.578893 0.216664"/>
<atom coord=" 0.251112 0.382474 -0.054745"/>
<atom coord=" 0.856581 0.602218 0.107872"/>
<atom coord=" 0.896411 0.769911 0.161103"/>
<atom coord=" 0.253291 0.192966 0.203651"/>
<atom coord=" 0.594866 0.105243 -0.045044"/>
<atom coord=" 0.337236 0.273843 -0.191012"/>
<atom coord=" 0.278090 0.380439 0.194015"/>
<atom coord=" 0.374100 0.638077 0.101691"/>
<atom coord=" 0.664825 0.866803 0.173585"/>
<atom coord=" 0.449285 0.546170 0.166017"/>
<atom coord=" 0.411376 0.266974 0.234883"/>
<atom coord=" 0.723573 0.950862 0.052519"/>
<atom coord=" 0.389055 0.009134 -0.241975"/>
<atom coord=" 0.165398 0.052692 -0.256817"/>
<atom coord=" 0.547786 0.290620 0.296155"/>
<atom coord=" 0.435433 0.116693 0.285702"/>
<atom coord=" 0.267542 0.872137 -0.202601"/>
<atom coord=" -0.023007 0.012338 -0.266322"/>
<atom coord=" 0.222281 0.759889 -0.268141"/>
<atom coord=" 0.214036 0.437986 -0.264487"/>
<atom coord=" 0.583429 0.872563 0.355149"/>
<atom coord=" 0.438894 0.590849 0.276358"/>
<atom coord=" 0.478384 0.700106 0.378829"/>
<atom coord=" 0.661330 0.625863 0.294549"/>
<atom coord=" 0.791735 0.834736 0.338090"/>
<atom coord=" 0.808972 0.643501 0.340226"/>
<atom coord=" 0.769851 0.995229 0.446818"/>
<atom coord=" 0.091865 -0.118711 0.438684"/>
<atom coord=" 0.747144 0.054007 0.297251"/>
<atom coord=" 0.297625 0.198625 0.554844"/>
<atom coord=" 0.142015 0.615677 0.577765"/>
<atom coord=" 0.185361 0.009339 0.366604"/>
<atom coord=" -0.082584 0.306345 0.429868"/>
<atom coord=" 0.474044 0.726228 0.567860"/>
<atom coord=" 0.917609 0.455072 0.721284"/>
<atom coord=" -0.022169 0.351212 0.347769"/>
<atom coord=" 0.346425 1.018870 0.565997"/>
<atom coord=" 0.884216 0.471931 0.298243"/>
<atom coord=" 0.904523 0.878220 0.411177"/>
<atom coord=" 0.053272 0.516700 0.260499"/>
<atom coord=" 0.492485 0.024507 0.464772"/>
<atom coord=" 0.440591 0.473017 0.516887"/>
<atom coord=" 0.183454 0.699995 0.426229"/>
<atom coord=" 0.056058 0.349573 0.658431"/>
<atom coord=" 0.082716 0.482843 0.382882"/>
<atom coord=" 0.810962 0.898892 0.775613"/>
<atom coord=" 0.731043 0.944833 0.584794"/>
<atom coord=" 0.684066 0.678980 0.587260"/>
<atom coord=" 0.695307 0.153030 0.403882"/>
<atom coord=" 1.002758 0.675029 0.369280"/>
<atom coord=" -0.153306 0.533450 0.423078"/>
<atom coord=" 0.431191 0.843352 0.438711"/>
<atom coord=" -0.059385 0.444916 0.488458"/>
<atom coord=" 0.152800 0.109512 0.445035"/>
<atom coord=" 0.669994 0.689007 0.490478"/>
<atom coord=" 0.016722 0.374699 0.562458"/>
<atom coord=" 0.289674 0.842678 0.647708"/>
<atom coord=" 0.571603 0.499563 0.584165"/>
<atom coord=" 0.446859 0.658944 0.653323"/>
<atom coord=" 0.122101 0.116249 0.553613"/>
<atom coord=" 0.221940 0.460792 0.306563"/>
<atom coord=" 0.727807 0.326632 0.452706"/>
<atom coord=" 0.635505 0.774367 0.657394"/>
<atom coord=" 0.283694 0.300110 0.352351"/>
<atom coord=" -0.035433 0.827245 0.664741"/>
<atom coord=" 0.201976 0.076500 0.640925"/>
<atom coord=" 0.736304 0.393010 0.587983"/>
<atom coord=" 0.223165 0.799900 0.566726"/>
<atom coord=" 0.261550 0.553871 0.519074"/>
<atom coord=" 0.779652 0.154425 0.640338"/>
<atom coord=" 0.473895 0.283958 0.375958"/>
<atom coord=" 0.426435 0.763620 0.756824"/>
<atom coord=" 0.150182 0.464799 0.460270"/>
<atom coord=" 0.537460 0.151013 0.541006"/>
<atom coord=" 0.629052 0.873128 0.476528"/>
<atom coord=" 0.177097 0.620320 0.665935"/>
<atom coord=" 0.097071 -0.038402 0.270470"/>
<atom coord=" -0.001773 0.207756 0.716329"/>
<atom coord=" 0.842458 0.180838 0.345892"/>
<atom coord=" 0.388496 0.375160 0.697610"/>
<atom coord=" 1.048216 0.694833 0.282101"/>
<atom coord=" 0.662077 0.767642 0.743386"/>
<atom coord=" 0.383420 0.300570 0.617861"/>
<atom coord=" 0.514372 0.099406 0.383342"/>
<atom coord=" 0.365766 0.965166 0.370090"/>
<atom coord=" 0.418136 0.280568 0.499232"/>
<atom coord=" 0.763773 -0.082847 0.678764"/>
<atom coord=" 0.245600 0.290778 0.440447"/>
<atom coord=" 0.952956 0.183877 0.592615"/>
<atom coord=" 0.725201 0.092275 0.731176"/>
<atom coord=" 0.077812 -0.066875 0.527533"/>
<atom coord=" 0.238222 0.153678 0.299740"/>
<atom coord=" 0.908035 -0.000799 0.347895"/>
<atom coord=" 0.958445 0.141798 0.467322"/>
<atom coord=" 0.603512 0.449181 0.416583"/>
<atom coord=" 0.067600 0.252517 0.274013"/>
<atom coord=" 0.514368 0.595703 0.454564"/>
<atom coord=" 0.477692 0.907785 0.658486"/>
<atom coord=" -0.063918 0.863453 0.262954"/>
<atom coord=" 0.576719 0.073283 0.637128"/>
<atom coord=" 0.522942 0.909026 0.558702"/>
<atom coord=" 0.853678 0.695534 0.463535"/>
<atom coord=" 0.478195 0.945077 0.281161"/>
<atom coord=" 0.399775 0.129909 0.675293"/>
<atom coord=" 0.547763 0.501914 0.673420"/>
<atom coord=" 0.846465 0.562963 0.606847"/>
<atom coord=" 0.948750 0.839808 0.573722"/>
<atom coord=" 0.712874 0.243732 0.531398"/>
<atom coord=" 0.286731 0.691690 0.349116"/>
<atom coord=" 0.322654 0.728984 0.497014"/>
<atom coord=" 0.956454 0.644828 0.538568"/>
<atom coord=" 0.819301 1.073801 0.528157"/>
<atom coord=" -0.013602 0.624414 0.676329"/>
<atom coord=" 0.625569 0.324944 0.647877"/>
<atom coord=" 0.298328 -0.013138 0.486210"/>
</species>
<species speciesfile="C.xml" rmt="1.0">
<atom coord=" 0.545961 0.713096 0.342407"/>
<atom coord=" 0.626465 0.781261 0.353835"/>
<atom coord=" 0.587644 0.613763 0.327202"/>
<atom coord=" 0.504958 0.548150 0.311009"/>
<atom coord=" 0.711526 0.778192 0.319108"/>
<atom coord=" 0.751748 0.682445 0.306940"/>
</species>
<species speciesfile="H.xml" rmt="0.5">
<atom coord=" 0.096937 0.051403 0.224423"/>
<atom coord=" 0.905058 0.156668 -0.164534"/>
<atom coord=" 0.697840 0.305173 0.276888"/>
<atom coord=" 0.052539 0.951117 0.175509"/>
<atom coord=" 0.493388 0.040718 0.211444"/>
<atom coord=" 0.414572 0.709677 0.259046"/>
<atom coord=" 0.160779 0.745349 0.268697"/>
<atom coord=" 0.726611 0.546012 -0.243165"/>
<atom coord=" 0.855894 0.905192 0.232310"/>
<atom coord=" 0.733794 0.696475 -0.233453"/>
<atom coord=" 0.582876 0.266233 -0.216362"/>
<atom coord=" 0.077488 0.459381 0.222362"/>
<atom coord=" 0.312620 0.528866 -0.183249"/>
<atom coord=" 0.600277 0.114446 -0.231062"/>
<atom coord=" 0.633521 0.610403 0.240112"/>
<atom coord=" 0.323207 0.336813 -0.180057"/>
<atom coord=" 0.207164 0.376718 0.202949"/>
<atom coord=" 0.374440 0.065853 -0.266682"/>
<atom coord=" 0.168505 0.061319 -0.289422"/>
<atom coord=" 0.526123 0.299104 0.326725"/>
<atom coord=" 0.448785 0.043136 0.283648"/>
<atom coord=" 0.298234 0.927416 -0.218213"/>
<atom coord=" 0.971082 0.085485 -0.269859"/>
<atom coord=" 0.253802 0.793241 -0.296614"/>
<atom coord=" 0.282544 0.407657 -0.269480"/>
<atom coord=" 0.431832 0.652944 -0.211118"/>
<atom coord=" 0.789966 0.564135 0.196980"/>
<atom coord=" 0.680134 0.465906 0.200779"/>
<atom coord=" 0.614588 0.903024 0.380532"/>
<atom coord=" 0.402067 0.700398 0.364552"/>
<atom coord=" 0.475174 0.578844 0.247253"/>
<atom coord=" 0.691036 0.811778 0.287844"/>
<atom coord=" 0.503058 0.743260 0.315504"/>
<atom coord=" 0.652062 0.769119 0.389106"/>
<atom coord=" 0.621986 0.570733 0.354023"/>
<atom coord=" 0.540255 0.486100 0.296366"/>
<atom coord=" 0.452759 0.527749 0.339652"/>
<atom coord=" 0.815626 0.808357 0.367353"/>
<atom coord=" 0.787780 0.685986 0.274495"/>
<atom coord=" 0.842431 0.582235 0.333028"/>
<atom coord=" 0.721229 0.954254 0.458605"/>
<atom coord=" 0.745100 1.049049 0.430258"/>
<atom coord=" 0.114299 -0.076361 0.414860"/>
<atom coord=" 0.022700 -0.130927 0.428231"/>
<atom coord=" 0.677266 0.057639 0.303430"/>
<atom coord=" 0.752646 0.013786 0.269491"/>
<atom coord=" 0.229094 0.182325 0.545500"/>
<atom coord=" 0.336198 0.226305 0.528717"/>
<atom coord=" 0.072007 0.616352 0.567134"/>
<atom coord=" 0.139205 0.607108 0.612127"/>
<atom coord=" 0.179895 0.056945 0.391000"/>
<atom coord=" 0.260396 -0.016272 0.368191"/>
<atom coord=" -0.053303 0.302720 0.399829"/>
<atom coord=" -0.077797 0.239936 0.446068"/>
<atom coord=" 0.462868 0.689910 0.595475"/>
<atom coord=" 0.422508 0.708127 0.547266"/>
<atom coord=" 0.951333 0.410702 0.701217"/>
<atom coord=" 0.852443 0.432530 0.728107"/>
<atom coord=" 0.023024 0.390035 0.367384"/>
<atom coord=" 0.014004 0.317604 0.322986"/>
<atom coord=" 0.356604 1.090015 0.563635"/>
<atom coord=" 0.427300 0.999658 0.473003"/>
<atom coord=" 0.911646 0.422575 0.319275"/>
<atom coord=" 0.838916 0.433854 0.280426"/>
<atom coord=" 0.917057 0.924775 0.382057"/>
<atom coord=" 0.860166 0.926604 0.425424"/>
<atom coord=" -0.012249 0.490128 0.270396"/>
<atom coord=" 0.039253 0.589904 0.265400"/>
<atom coord=" 0.401854 -0.010983 0.581052"/>
<atom coord=" 0.509232 0.058475 0.493031"/>
<atom coord=" 0.488092 0.488391 0.543518"/>
<atom coord=" 0.468400 0.517397 0.495262"/>
<atom coord=" 0.143959 0.759432 0.427092"/>
<atom coord=" 0.234994 0.711388 0.448557"/>
<atom coord=" 0.048210 0.367375 0.626798"/>
<atom coord=" 0.112217 0.372111 0.674182"/>
<atom coord=" 0.135302 0.488417 0.359780"/>
<atom coord=" 0.114095 0.505175 0.410171"/>
<atom coord=" 0.813957 0.849073 0.800687"/>
<atom coord=" 0.875653 0.915318 0.768239"/>
<atom coord=" 0.663057 0.932129 0.573930"/>
<atom coord=" 0.771941 0.893088 0.577659"/>
<atom coord=" 0.640337 0.622083 0.586688"/>
<atom coord=" 0.744595 0.651081 0.599660"/>
<atom coord=" 0.746748 0.174102 0.380507"/>
<atom coord=" 0.695989 0.213288 0.421405"/>
<atom coord=" 1.024720 0.609141 0.375237"/>
<atom coord=" 0.931054 0.673320 0.369644"/>
<atom coord=" -0.130009 0.490293 0.447443"/>
<atom coord=" -0.222120 0.514802 0.418758"/>
<atom coord=" 0.446164 0.793368 0.415772"/>
<atom coord=" 0.402370 0.810021 0.463962"/>
<atom coord=" 0.001180 0.479306 0.479919"/>
<atom coord=" -0.057765 0.383468 0.472019"/>
<atom coord=" 0.197591 0.069761 0.463499"/>
<atom coord=" 0.189032 0.174506 0.441902"/>
<atom coord=" 0.742913 0.687458 0.485107"/>
<atom coord=" 0.665061 0.690795 0.522230"/>
<atom coord=" -0.017826 0.408180 0.535782"/>
<atom coord=" 0.078861 0.358886 0.550622"/>
<atom coord=" 0.288731 0.815382 0.616723"/>
<atom coord=" 0.360190 0.858762 0.654923"/>
<atom coord=" 0.628712 0.456510 0.589001"/>
<atom coord=" 0.541912 0.498447 0.614305"/>
<atom coord=" 0.383703 0.654428 0.669648"/>
<atom coord=" 0.489603 0.606344 0.662282"/>
<atom coord=" 0.060191 0.140469 0.563930"/>
<atom coord=" 0.107987 0.052684 0.541054"/>
<atom coord=" 0.172633 0.470994 0.282326"/>
<atom coord=" 0.275149 0.505403 0.298236"/>
<atom coord=" 0.796435 0.330920 0.438668"/>
<atom coord=" 0.682011 0.374489 0.436543"/>
<atom coord=" 0.690271 0.820945 0.658027"/>
<atom coord=" 0.645435 0.739044 0.627784"/>
<atom coord=" 0.273161 0.239796 0.333226"/>
<atom coord=" 0.262737 0.354051 0.333643"/>
<atom coord=" 0.007198 0.860523 0.686265"/>
<atom coord=" -0.035817 0.758418 0.673708"/>
<atom coord=" 0.236714 0.019928 0.632084"/>
<atom coord=" 0.160701 0.090528 0.612887"/>
<atom coord=" 0.701146 0.366895 0.614482"/>
<atom coord=" 0.725510 0.340978 0.563988"/>
<atom coord=" 0.173540 0.850283 0.560356"/>
<atom coord=" 0.179656 0.742493 0.570767"/>
<atom coord=" 0.323469 0.514457 0.520187"/>
<atom coord=" 0.225424 0.557333 0.547410"/>
<atom coord=" 0.847928 0.170684 0.628462"/>
<atom coord=" 0.787741 0.142695 0.672998"/>
<atom coord=" 0.405928 0.299911 0.365239"/>
<atom coord=" 0.481680 0.212842 0.383542"/>
<atom coord=" 0.372567 0.803197 0.769512"/>
<atom coord=" 0.488721 0.798973 0.763138"/>
<atom coord=" 0.201206 0.488105 0.480491"/>
<atom coord=" 0.167914 0.400140 0.449847"/>
<atom coord=" 0.600917 0.187015 0.540793"/>
<atom coord=" 0.524551 0.127951 0.570663"/>
<atom coord=" 0.653306 0.809864 0.481715"/>
<atom coord=" 0.563611 0.871283 0.462131"/>
<atom coord=" 0.191990 0.672342 0.689316"/>
<atom coord=" 0.202526 0.557389 0.678760"/>
<atom coord=" 0.112100 -0.025233 0.302438"/>
<atom coord=" 0.144112 -0.083481 0.258800"/>
<atom coord=" 0.016106 0.241086 0.689014"/>
<atom coord=" -0.058810 0.243169 0.728541"/>
<atom coord=" 0.816532 0.158234 0.316577"/>
<atom coord=" 0.863194 0.248509 0.339745"/>
<atom coord=" 0.383361 0.330662 0.669254"/>
<atom coord=" 0.418309 0.344553 0.722269"/>
<atom coord=" 1.025301 0.693730 0.315356"/>
<atom coord=" 0.993449 0.740518 0.268999"/>
<atom coord=" 0.707221 0.821028 0.744087"/>
<atom coord=" 0.639311 0.753995 0.711204"/>
<atom coord=" 0.437895 0.327436 0.601566"/>
<atom coord=" 0.340744 0.264302 0.593497"/>
<atom coord=" 0.589325 0.110042 0.385095"/>
<atom coord=" 0.504953 0.077334 0.415620"/>
<atom coord=" 0.379451 0.927385 0.395646"/>
<atom coord=" 0.414911 1.018663 0.369388"/>
<atom coord=" 0.441389 0.347306 0.503419"/>
<atom coord=" 0.467261 0.239245 0.514092"/>
<atom coord=" 0.835413 -0.102821 0.681025"/>
<atom coord=" 0.758252 -0.051865 0.649421"/>
<atom coord=" 0.312066 0.285445 0.453715"/>
<atom coord=" 0.259690 0.298952 0.407660"/>
<atom coord=" 0.964059 0.248914 0.575250"/>
<atom coord=" 0.900462 0.156084 0.573416"/>
<atom coord=" 0.768694 0.102951 0.757716"/>
<atom coord=" 0.743093 0.028403 0.718569"/>
<atom coord=" 0.078516 -0.078128 0.494938"/>
<atom coord=" 0.019640 -0.096520 0.545454"/>
<atom coord=" 0.308977 0.136372 0.293646"/>
<atom coord=" 0.223482 0.108259 0.322530"/>
<atom coord=" 0.837794 0.005715 0.337668"/>
<atom coord=" 0.927495 0.063556 0.352935"/>
<atom coord=" 0.944058 0.102410 0.493070"/>
<atom coord=" 1.030137 0.128720 0.460402"/>
<atom coord=" 0.555042 0.396767 0.408695"/>
<atom coord=" 0.567205 0.498825 0.434899"/>
<atom coord=" 0.051357 0.279622 0.244995"/>
<atom coord=" 0.131945 0.225728 0.275320"/>
<atom coord=" 0.500730 0.628133 0.424565"/>
<atom coord=" 0.567792 0.635688 0.468375"/>
<atom coord=" 0.467531 0.935673 0.687746"/>
<atom coord=" 0.526570 0.856751 0.661539"/>
<atom coord=" 0.003052 0.898886 0.270033"/>
<atom coord=" -0.102513 0.864036 0.291764"/>
<atom coord=" 0.556597 0.006245 0.638862"/>
<atom coord=" 0.651260 0.081846 0.634682"/>
<atom coord=" 0.509687 0.844020 0.572448"/>
<atom coord=" 0.545410 0.892083 0.528386"/>
<atom coord=" 0.854748 0.634808 0.442151"/>
<atom coord=" 0.857631 0.753827 0.445025"/>
<atom coord=" 0.509353 0.924338 0.309824"/>
<atom coord=" 0.452217 0.888328 0.266079"/>
<atom coord=" 0.355776 0.166509 0.657518"/>
<atom coord=" 0.452623 0.116017 0.654044"/>
<atom coord=" 0.490661 0.462929 0.681137"/>
<atom coord=" 0.595487 0.495406 0.697036"/>
<atom coord=" 0.808092 0.501799 0.604653"/>
<atom coord=" 0.900268 0.561631 0.630384"/>
<atom coord=" 0.959998 0.768642 0.567588"/>
<atom coord=" 0.963116 0.846586 0.606613"/>
<atom coord=" 0.709783 0.278941 0.501455"/>
<atom coord=" 0.767886 0.198304 0.527378"/>
<atom coord=" 0.242717 0.693901 0.374930"/>
<atom coord=" 0.273458 0.732890 0.323314"/>
<atom coord=" 0.281433 0.761471 0.520791"/>
<atom coord=" 0.303661 0.658696 0.503162"/>
<atom coord=" 0.904822 0.616498 0.559006"/>
<atom coord=" 0.925449 0.661271 0.509301"/>
<atom coord=" 0.785131 1.033670 0.551320"/>
<atom coord=" 0.799372 1.045070 0.498368"/>
<atom coord=" -0.040718 0.581286 0.699720"/>
<atom coord=" 0.063170 0.625519 0.676248"/>
<atom coord=" 0.628762 0.347349 0.679153"/>
<atom coord=" 0.668514 0.263894 0.649755"/>
<atom coord=" 0.283042 -0.074482 0.473661"/>
<atom coord=" 0.310788 -0.026788 0.519108"/>
</species>
</structure>
<groundstate
rgkmax="12"
ngridk="1 1 1"
xctype="GGA_PBE"
>
</groundstate>
</input>
xcrysden_file.xcrysden
https://drive.google.com/file/d/11DjVUb5vljk6SgGpAqPyREANBUZg-87-/view?usp=sharing
Screenshot of visualization, input file, and error report